L’objectif du PEM2i et de ses partenaires académiques en ce qui concerne la formation, est de proposer un continuum de formation de bac à bac+ 5 et doctorat, au format initial, alternance et contrat de professionnalisation, qui prépare aux métiers de la microbiologie et de la fermentation.
L' ensemble des formations sont développées en lien étroits avec les entreprises de la microbiologie afin d’offrir aux futurs diplômés des compétences adaptées aux besoins du monde socio-économiques. L’ensemble de ces formations s’effectueront dans un cadre exceptionnel car les apprenants auront accès à des locaux spécialisés, type industriels, et à des matériels scientifiques de pointe pour l’étude et la production des microorganismes.
Le PEM2i a également pour vocation de faciliter les rencontres entre étudiants et entreprises qui souhaitent travailler ensemble et créer un contrat d’alternance ou un contrat doctoral. Ces collaborations étudiants-entreprises mutuellement enrichissantes peuvent le plus souvent déboucher par une embauche.
